Dal 1100 arrivò in Praga la cultura romanica, che si evidenziò nelle forme delle strutture profane ed ecclesiastiche. Nonostante la stupefacente attività della popolazione di questa cittadina medioevale soltanto nel 1230 si videro i primi grandi cambiamenti.
Venceslao, allora re, fece fortificare la parte destra della città che acquisì i primi privilegi cittadini, ossia benessere e ricchezza.

Dal XIV secolo lo stile gotico cancellò il romanico imponendosi nei canoni di strutturazione dell'organismo urbano.

La vistosa ed eccezionale crescita di Praga ebbe un momento di stasi nel 1306 quando i Premislidi si estinsero a causa di lotte interne per la conquista del trono. Carlo IV, re di Boemia, ordinò una ricostruzione di Praga nello stile dell'alto gotico e arricchì la città di decine di nuove costruzioni di una certa importanza tra cui anche la prima Università del Centro Europa.

Solo con la morte di Carlo IV si ebbero problemi in quanto l'eccessivo sviluppo precedente aveva preparato il terreno ad un momento di crisi.

La chiesa se ne approfittò cercando di attuare una riforma ecclesiastica. Fu Jan Huss uno dei più grandi predicatori che aiutarono la chiesa nella sua causa. Fu accusato di eresia e bruciato nel 1415.

La sua morte fece accelerare il processo, dopo di lui non vi fu più riforma, ma rivoluzione ove Praga ebbe una parte molto importante sia da un punto di vista militare sia da un punto di vista politico. Alla fine divenne una componente guida della ala borghese.

Queste guerre causarono gravi distruzioni che impedirono a Praga di divenire una grande città, ma grazie alla rivoluzione essa ottenne un grande prestigio politico.

Lotte interne dei detentori del potere fecero perdere alla città la possibilità di riottenere l'antico prestigio e splendore che non si incrementarono neppure dopo alcune superbe modifiche e costruzioni fatte al castello reale nei secoli XV e XVI in quanto, nel 1491, nel sodalizio personale boemo-ungarico il sovrano si trasferì a Butin.

Neppure nel 1526, quando il reame Boemo divenne parte di quello Ungarico il re Ferdinando d'Asburgo ritornò alla sede di Praga.

La fusione dei due reami portò immediatamente mal contento all'interno della città di Praga che presto prese parte alle lotte contro il governo. La rappresaglia del re dopo la sconfitta dei sostenitori di queste lotte fu terribile, moltissimi cittadini persero grandi privilegi e subirono gravi perdite materiali.

Praga, comunque, non ci mise molto a risollevarsi grazie soprattutto alla presenza delle famiglie nobiliari degli Asburgo e grazie al fatto che nel 1583 Rodolfo II, allora re, riprese Praga come sede reale.

Da quel momento la città si trovò in mezzo a molteplici battaglie e contrasti soprattutto per la mai accettata fusione beomo-ungarica, eventi, di cui ricordiamo la famosa "defenestrazione di Praga", che portarono alla Guerra dei Trent'anni.

La città fu capitale degli insorti abbastanza a lungo da portare ai suoi cittadini preoccupazioni e problemi fino a quando nel 1620 Ferdinando II sconfisse i ribelli ed entrò vittorioso in Praga. Egli ed il suo esercito misero a ferro e fuoco la città derubando completamente quella che era considerata la più ricca d'Europa. Anche negli anni successivi chiunque fu trovato ad opposi agli Asburgo, chi fosse dissidente, o peggio chi prendesse parte a rivolte fu punito in maniera esemplare e violenta.

Grazie alla politica degli Asburgo nel 1630 Praga era completamente cattolica, ma l'economia stentava e non erano molte le possibilità di risollevarsi.

Nel 1654 il timore di perdere l'intero stato boemo con l'eventuale sconfitta di Praga portò alla decisione di costruire delle nuove mura intorno alla città. La loro costruzione durò quasi 50 anni e ilo stile barocco secondo cui furono eseguite influenzarono l'architettura degli anni successivi.

L'inizio del XVIII secolo fu caratterizzato da grande sviluppo all'interno della città grazie all'operosità dei borghesi, che si opposero alla tendenza dei nobili e della chiesa di monopolizzare le proprietà immobiliari, costruendo nuove imprese manifatturiere di modo che il commercio ne traesse gran giovamento.

Questo sviluppo fu interrotto dalle guerre di successione degli Asburgo e dalle altre guerre del centro Europa, i conflitti fecero capire quanto fossero efficaci le mura di protezione di Praga, ma anche quanto la città fosse isolata e con scarsissimi contatti con l'esterno.

Nel 1750 Praga era solo una efficiente, ma piccola, città di provincia.

Una grande rivoluzione avvenne nel 1782 quando Giuseppe II, tra le varie innovazioni, unificò Praga che infatti fino a quel momento era suddivisa non solo fisicamente, ma anche a livello amministrativo, in quattro parti. Questa situazione durava quasi dalla sua fondazione.

Il XIX secolo era iniziato col caos delle guerre napoleoniche e con la conseguente situazione di ristagno. La rivoluzione dell'industria smaltiti gli antichi schemi e stereotipi medievali iniziò a Praga come nel resto d'Europa nel 1848 che perdurò fino al 1914 con grandiosi sviluppi della città con la creazione di una linea ferroviaria e svariati centri di moderna creatività urbanistica, in questo mentre anche le mura furono abbattute per facilitare i commerci e gli scambi. Una limitazione fu data dal governo d'Asburgo in quanto non accettava che Praga rinascesse.

All'inizio della prima guerra mondiale Praga era una città efficiente ed industrializzata, ma pur sempre una città di provincia.

Nel 1918, finita la guerra mondiale dalla quale Praga fu poco influenzata, nacque la Cecoslovacchia che si sviluppò fino al 1939 quando la grande presenza di tedeschi nello stato "giustificò" Hitler ad invadere ed annettere l'intero stato. Sono tuttora tristemente famosi i ghetti di Terezin dove decine di migliaia di persone sono state trucidate.

L'Armata Rossa insieme alle truppe alleate conquistarono Praga nel 1945, fu costituita una nuova repubblica che ebbe una breve vita. Nel 1948 ci fu il colpo di stato comunista e la Cecoslovacchia entrò nell'egemonia dell'URSS.

Dopo la morte di Stalin iniziò un processo di revisione comunista e nacque la Repubblica Socialista Sovietica con una nuova costituzione. Furono date progressivamente nuove libertà durante la cosiddetta "Primavera di Praga" nel 1968.

L'URSS non accettò questi cambiamenti e invase la città tra la notte del 20 e del 21 agosto 1968 . I carri armati sovietici occuparono le strade della città, ogni forma di informazione fu controllata e censurata.

Il paese cadde in una lunga apatia fino a quanto fu scritta la famosa "Charta '77", documento nel quale si rivendicano le tutele dei diritti civili firmato da molti intellettuali cechi.

Con la Perestroika di Gorbaciov, la caduta del muro di Berlino, le manifestazioni di Praga misero il regime, oramai incapace di reagire, in crisi. Fu abolito il monopolio del partito sovietico. La rivoluzione di Velluto finì, Václav Havel diventò presidente della nuova repubblica mentre Dubcek diventò capo del parlamento.

Nel 1993 la Cecoslovacchia si divise in Repubblica Ceca e Slovacchia. In Repubblica Ceca il presidente rimase sempre Havel.